一、大部分企业物流系统效率低下，物流成本高，基础设施配套性、兼容性差，物流技术装备水平低，标准化建设滞后，信息化建设不健全等，严重制约企业的快速配送和生产，并影响服务水平的提高，从而最终成为企业提高利润和竞争力水平的障碍。例如，一些先进的信息化工具得不到应用，造成有好的信息化流程，但无法得以实践；或者是信息化流程的设计不符合企业的客观需求，从其他企业生搬硬套，导致最后上线信息化运作的效率还不及人工操作效率高。
二、对供应链信息化的意识，各企业及各行业间存在严重的不平衡现象。有这样一种误解，好像只有规模大的企业，或是制造型企业才需要供应链信息化建设，而对于中小型民营企业则认为与供应链信息化无关。
三、供应链信息化在企业内部的总体运营地位不是很高。从企业内部的组织结构就可以发现，大部分企业还是把供应链单独放在采购部门，片面地认为供应链只是和原材料采购相关的部门，只有原材料的采购、物流、仓储、运输等才和供应链信息化有关。
四、供应链信息化建设与财务管理职能相脱节。虽然现在大多数供应链管理软件已经将制定
财务指标作为一项重要的功能模块，但在实际运行过程中，会发现指标设计要么过于复杂或过于简单，给管理者分析决策带来较大难度。或是在信息化设计过程中，财务的风险监控功能相对较弱，而基本是在照搬企业原来的财务审批流程。
针对我国企业物流在供应链信息化建设中出现的诸多问题，如何在今后的发展中找到一条更适合本企业自身特点的信息化之路，需要供应链系统服务商和企业一起紧密合作，共同寻找出路。
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